Uniunea functioneaza pe baza principiului autoadministrarii interne, separand sferele decizionale, executive si de control. Organul decizional suprem al Uniunii este Congresul. In perioada dintre doua congrese, organele de conducere ale Uniunii sunt: Consiliul Reprezentantilor Unionali, Consiliul de Coordonare al Uniunii, respectiv Consiliul Operativ al Uniunii. Pe langa activitatea decizionala in probleme politice, Consiliul Reprezentantilor adopta decizii privind functionarea Uniunii. Consiliul de Coordonare este forul de reprezentare, de coordonare si de consiliere al membrilor asociati, care adopta decizii in cadrul atributiilor proprii, infaptuindu-se astfel pluralismul de valori si de interese a sferei civile maghiare din Romania. Consiliul Operativ al Uniunii (C.O.U.) este un organ permanent, compus din 11 membri, care se reuneste ori de cate ori se impune in perioada dintre doua sedinte a C.R.U. Deciziile acestui organ se supun ulterior aprobarii C.R.U. Reprezentarea suprema si coordonarea politica a U.D.M.R. sunt asigurate de Presedintele Uniunii. Prezidiul Executiv este organul executiv care aplica deciziile Congresului si Consiliului Reprezentantilor, avand, totodata, competenta de a lua decizii in conformitate cu acestea. Liderul acestui organ este Presedintele executiv, care reprezinta Uniunea conform atributiilor prevazute in statut. Departamentele Prezidiului Executiv sunt conduse de vicepresedintii executivi, care raspund de diferite domenii de activitate (organizatiile teritoriale, activitatea guvernamentala, administratia publica locala, cultura si culte, invatamantul, problemele sociale si de tineret, economia si integrarea europeana). Controlul activitatii este asigurat de Comisia de Supraveghere a Statutului, Comisia de Etica si Disciplina si Comisa de Cenzori. Sfera decizionala si cea executiva se sprijina in activitatea sa pe Consiliul Consultativ al Presedintilor Organizatiilor Teritoriale, Consiliul Consultativ al Platformelor si Consiliul National al Primarilor si Consilierilor U.D.M.R.
Platforme (grupuri de opinie):
* Cercul Liberal (orientare social-liberala),
* Cercul National Liberal (orientare national-liberala),
* Forumul Noii Stangi Democratice,
* Initiativa Maghiara din Transilvania,
* Miscarea Democrat-Crestina Maghiara din Romania,
* Miscarea Femei pentru Femei,
* Platforma Edificarii Nationale,
* Platforma Intreprinzatorilor Maghiari din Romania (orientare neo-liberala),
* Platforma Social Democrata,
* Uniunea Micilor Gospodari si Intreprinzatori Maghiari din Romania.